PCR反應如果出現(xiàn)了引物二聚體，有許多方法可以減少或消除反應中的引物二聚體。

1、 首先是優(yōu)化熱循環(huán)條件，這主要是提高退火溫度。大多數(shù)情況下，兩步循環(huán) (由 95°C 變性步驟直接進入60°C 退火和延伸步驟) 有利于強效擴增，因此引物設計時設定的成功退火溫度為 60°C。

2、可降低引物濃度，甚至采用不同的正向引物和反向引物的比值也有一定的幫助。大多數(shù)情況下，每條引物的理想最終濃度為 200 nM，但如有需要，可將濃度降至 60 nM。

3、鎂的最佳濃度一般約為 3 mM。高于此濃度易形成引物二聚體。

4、如果未對引物形成二聚體的傾向進行評估，則應補充評估并考慮重新設計 (如有需要)。通常情況下，最好使用熱啟動 DNA 聚合酶，并在冰上進行反應。

5、在理論上，針對同一靶點應同時檢測多個引物組。這實際上可以節(jié)省大量時間，因為如果這些引物中的一個能立即發(fā)揮作用，則可以減少花費在優(yōu)化過。